Idea budowy klasztoru na szczycie wzgórza Podskale (317 m. n.p.m.) zrodziła się w umyśle pobożnego szlachcica, Krzysztofa Korycińskiego (1577 – 1636) herbu topór. Fundator piastował w państwie wiele godności i urzędów; był m. in. kasztelanem wojnickim i starostą gniewkowskim. W ramach prywatnej pielgrzymki do Włoch szlachcic nawiedzał miejsca związane z życiem i działalnością św. Franciszka z Asyżu. Szczególnie poruszyła go miejscowość Chiusi della Verna w prowincji Arezzo, gdzie 17 września 1224 r., po 40 – dniowym poście ku czci św. Michała Archanioła, św. Franciszek otrzymał stygmaty Męki Pańskiej. To właśnie tam Koryciński od razu dostrzegł wręcz bliźniacze podobieństwa pomiędzy włoską Alwernią a górą Podskale, będącą jego własnością.

Polska kopia La Verny została przekazana duchowym synom św. Franciszka z Asyżu, Prowincji Niepokalanego Poczęcia NMP – w Polsce popularnie zwanymi Bernardynami. Poświęcenie gruntu pod budowę nowego konwentu odbyło się w 1616 r., a dokonał go wybitny teolog bernardyński o. Piotr z Poznania. Kilka miesięcy później wybudowano pierwszą drewnianą kapliczkę i przylegający doń klasztor.

Z czasem zaistniała potrzeba wybudowania nowego klasztoru. W 1625 r. o. Piotr Poznańczyk – ówczesny gwardian, otrzymał zgodę Prowincjała na rozpoczęcie budowy. Klasztor otrzymał włoski plan prostokąta ujmującego pośrodku wirydarz.

3 lutego 1627 r. Koryciński uregulował urzędowo nadanie dla Bernardynów, wydając oficjalny przywilej erekcyjny dla konwentu i dokonując wieczystej darowizny całej leśnej góry Podskale, odtąd zwanej Alwernią, Górą Pańską, Górą Świętą lub Górą Stygmatów św. Franciszka. Z biegiem lat przyjęła się w okolicy nazwa Alwernia i ta pozostała do dziś.

W 1628 r. drewniany konwent doszczętnie spłonął, a zakonnicy musieli się przeprowadzić do konwentu murowanego. Również drewniana kaplica z czasem okazała się niewystarczająca, aby zabezpieczyć potrzeby duchowe wiernych. Podjęto więc decyzję o wybudowaniu nowego kościoła. Prace prowadzono w latach 1630 – 1656. W latach 1703 – 1708 do północnej strony prezbiterium dobudowano niedużą kaplicę, w której umieszczono słynący łaskami obraz ,,Ecce Homo”.